Šiandieninio Valstybinis mokslinių tyrimų instituto Inovatyvios medicinos centro ištakos siekia dar 1945 metus, kai tuometinės Lietuvos TSR Mokslų akademijos sistemoje užsienio lietuvių pastangomis ir lėšomis buvo įkurtas Eksperimentinės medicinos ir onkologijos institutas. Tuo metu tai buvo svarbiausia medicininių mokslinių tyrimų įstaiga Respublikoje. Instituto įkūrėjas ir pirmasis direktorius buvo profesorius, medicinos mokslų daktaras Vytautas Girdzijauskas (vadovavo 1945-1956 m.).

1957 m., atsiskyrus Onkologijos institutui, visa Eksperimentinės medicinos instituto veikla buvo nukreipta spręsti reumatinių susirgimų etiologijos, patogenezės, gydymo ir profilaktikos problemoms. Šiuo metu (1957-1962 m.) institutui vadovavo medicinos mokslų daktaras Bronislovas Penkauskas, o nuo 1964 m. – profesorius, medicinos mokslų daktaras Liubomiras Laucevičius.

Nuo 1966 m. institutas buvo vadinamas Eksperimentinės ir klinikinės medicinos mokslinio tyrimo institutu ir priklausė Lietuvos TSR Sveikatos apsaugos ministerijai. 1970 m. instituto direktoriumi tapo profesorius, medicinos mokslų daktaras Alfonsas Matulis vadovavęs institutui 24 metus (1970-1994 m.). Nuo 1994 m. instituto vadovu tapo jo mokinys profesorius, habilituotas daktaras Algirdas Venalis. Šio instituto darbuotojų pastangomis respublikoje buvo sukurta darni kovos su reumatinėmis ligomis sistema.

Eksperimentinės ir klinikinės medicinos institutas (šiuo metu – VMTI Inovatyvios medicinos centras), Žygimantų g. 9, Vilnius

Lietuvai atgavus nepriklausomybę, institutas tęsė savo veiklą, bet jau kaip valstybinė mokslinių tyrimų įstaiga, pavaldi Švietimo ir mokslo ministerijai. Be jau tradicinių reumatinių ligų patogenezės mechanizmų, diagnostikos ir gydymo efektyvumo tyrimų, pradėtos plėtoti ir naujos kryptys – regeneracinė medicina, kamieninių ląstelių biologijos tyrimai, fotomedicinos taikymo reumatologijoje galimybių įvertinimas ir kt. Naujas valstybinis požiūris į Lietuvos mokslo perspektyvas paskatino permainas mokslo sistemoje. Vykdant Lietuvos mokslo ir studijų optimizacijos planą, 2002 m. valstybinis Eksperimentinės ir klinikinės medicinos institutas buvo pertvarkytas į universiteto mokslo institutą – Vilniaus universiteto Eksperimentinės ir klinikinės medicinos institutą.

Stiprinant ir optimizuojant biomedicininių mokslinių tyrimų sritį naujas žingsnis žengtas 2009 m., kai, 2009 m. gruodžio 23 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybė nutarimu Nr. 1794, buvo įkurtas Valstybinis mokslinių tyrimų institutas Inovatyvios medicinos centras, sujungus VU Eksperimentinės ir klinikinės medicinos institutą su VU Imunologijos institutu.

Tuometinis VU Imunologijos institutas, kuriam 1990-2006 m. vadovavo prof., habil. dr.V.Tamošiūnas, vėliau – dr. Mykolas Mauricas, nors ir buvo santykinai jaunas (įkurtas 1990 m. kaip valstybinis mokslinių tyrimų institutas, 1996 m. institutas buvo asocijuotas su Lietuvos mokslų akademija, o nuo 2002 metų tapo Vilniaus universiteto Imunologijos institutu.), bet pakankamai stiprus fundamentinių imunologijos mokslinių tyrimų srityje. Jis sustiprino naujai įkurto instituto eksperimentinės biologijos ir medicinos tyrimų bazę, išplėtė vykdomų tematikų specifiką naujomis kryptimis: molekulinių ir ląstelinių imuniteto funkcionavimo dėsningumų tyrimai; imuninės būklės funkcinio aktyvumo ir ją įtakojančių veiksnių tyrimai.

Imunologijos institutas (šiuo metu – VMTI Inovatyvios medicinos centras), Molėtų pl.29, Vilnius

Nuo 2010 m. sausio 1 d. įsigaliojo nauji instituto įstatai, kuriuose buvo suformuotos pagrindinės Inovatyvios medicinos centro mokslinės veiklos kryptys:

  1. 1. regeneracinių organizmo galimybių ir mechanizmų tyrimai ir jais pagrįstų gydymo technologijų kūrimas;
  2. 2. imunodiagnostikos ir individualizuotos imunoterapijos technologijų kūrimas;
  3. 3. naujų terapinės paskirties molekulių kūrimas ir biofarmacijos tyrimai;
  4. 4. inovatyvių diagnostikos, gydymo, sveikatos stebėsenos ir ligų prevencijos technologijų tyrimai ir kūrimas.

Šiuo metu, po to, kai 2012 m. iš instituto struktūros buvo atskirtas Gerontologijos centras, instituto mokslinė veikla vykdoma šešiuose mokslo padaliniuose: Kamieninių ląstelių biologijos, Regeneracinės medicinos, Imunologijos, Inovatyvių medicinos technologijų ir kurortologijos, Biofarmacijos ir Biomodelių skyriuose. Institute dirba daugiau nei 50 mokslo daktarų, studijuoja apie 20 doktorantų.

Naujasis Jungtinio Inovatyvios medicinos centro pastatas, Santariškių g. 5, Vilnius

Įgyvendinant Europos Sąjungos struktūrinės paramos panaudojimo strategiją ir veiksmų programą, 2010 m. Švietimo ir mokslo ministerija patvirtino Jungtinio inovatyvios medicinos centro įkūrimo projektą. Šis projektas – vienas iš integruoto mokslo, studijų ir verslo centro (slėnio) „Santara“ plėtros programos projektų. Projektą įgyvendino Valstybinis mokslinių tyrimų institutas Inovatyvios medicinos centras kartu su VU ligoninės Santariškių klinikomis. Pagal jį Santariškių medicinos miestelio teritorijoje buvo sukurtas inovatyvių medicinos technologijų, molekulinės medicinos ir biofarmacijos mokslinių tyrimų, studijų ir technologinės plėtros mokslo centras. Pastatytas beveik 8,6 tūkst. kv. metrų ploto pastatas, į kurį 2015 m. pabaigoje persikėlė institutas, o taip pat buvo įrengtos atviros prieigos mokslinės laboratorijos, aprūpintos pasaulinius standartus atitinkančia moksline įranga ir orientuotos į mokslinių tyrimų bei eksperimentinės plėtros paslaugų teikimą.